В области образовательной и научно-исследовательской деятельности ФГКОУ Институт ФСБ России (г. Санкт-Петербург) сотрудничает с вузами г. Санкт-Петербурга, осуществляющими подготовку кадров в интересах обороны и безопасности государства, обеспечения законности и правопорядка:
Федеральное государственное казенное военное образовательное учреждение высшего образования «Санкт-Петербургский военный ордена Жукова институт войск национальной гвардии Российской Федерации»
Федеральное государственное казенное образовательное учреждение высшего образования «Санкт-Петербургский университет Министерства внутренних дел Российской Федерации»
Федеральное казенное образовательное учреждение высшего образования «Санкт-Петербургский университет Федеральной службы исполнения наказаний»
Федеральное государственное казенное образовательное учреждение высшего образования «Санкт-Петербургская академия Следственного комитета Российской Федерации»
Санкт-Петербургский юридический институт (филиал) федерального государственного казенного образовательного учреждения высшего образования «Университет прокуратуры Российской Федерации»
Федеральное государственное казенное военное образовательное учреждение высшего образования «Военный учебно-научный центр Военно-Морского Флота «Военно-морская академия имени Адмирала Флота Советского Союза Н.Г. Кузнецова»
Федеральное государственное казенное военное образовательное учреждение высшего образования «Военный институт физической культуры» Министерства обороны Российской Федерации
Федеральное государственное казенное военное образовательное учреждение высшего образования «Военная орденов Жукова и Ленина Краснознаменная академия связи имени Маршала Советского Союза С.М.Буденного» Министерства обороны Российской Федерации
Федеральное государственное казенное военное образовательное учреждение высшего образования «Военная академия материально-технического обеспечения имени генерала армии А.В.Хрулева» Министерства обороны Российской Федерации