В середине 30-х годов 20-го века возникла необходимость подготовки квалифицированных кадров для органов государственной безопасности. В соответствии с приказом НКВД СССР от 26 сентября 1937 г. «Об организации специализированных школ ГУГБ НКВД» в Москве, Ленинграде и Харькове были открыты специальные Школы Главного управления государственной безопасности НКВД СССР. Приказом НКВД СССР от 11 декабря 1937 г. Ленинградской школе было присвоено условное наименование «Вторая Ленинградская школа НКВД СССР».
Набор курсантов для комплектования Школы проводился через партийные организации, а также использовался подбор демобилизованных военнослужащих пограничных и внутренних войск НКВД по рекомендациям командиров и комиссаров воинских частей. Кандидаты отбирались из проверенных членов партии, кандидатов в члены партии и комсомольцев.
После начала Великой Отечественной войны образовательный процесс в Школе был приостановлен, а преподаватели направлены на работу в органы военной контрразведки и специальные подразделения НКВД и НКГБ СССР.
Выпускники Школы активно участвовали как в формировании и непосредственной деятельности разведывательно-диверсионных групп в тылу врага, так и в сложной повседневной работе органов государственной безопасности в блокадном Ленинграде. Многие сотрудники пали смертью храбрых.
В 1944 году образовательная организация под новым наименованием «Ленинградская Спецшкола НКГБ СССР» возобновила подготовку и переподготовку кадров по своему основному профилю.
В послевоенный период профессорско-преподавательский состав основное внимание уделял переосмыслению как довоенного опыта оперативной работы, так и опыта, полученного в годы Великой Отечественной войны, а также выработке путей организации учебного процесса, отвечающих требованиям оперативной практики того времени.
В апреле 1952 года Ленинградская спецшкола получила наименование «Школа № 401 МГБ СССР», а в 1953 году – приобрела статус специальной школы усовершенствования с базовым профилем подготовки сотрудников органов государственной безопасности.
В 1965 году с учетом возросших потребностей в кадрах, требований к организации учебного процесса и уровню профессиональной подготовки сотрудников, руководством КГБ при СМ СССР принимается решение о строительстве в Ленинграде нового комплекса зданий и его соответствующем оснащении. В 1971 году после завершения строительства Школа развертывается в многопрофильное специальное учебное заведение с серьезной материально-технической базой.
В соответствии с приказом Председателя КГБ СССР Ю.В. Андропова от 1 августа 1979 г. Школа № 401 была преобразована в Высшие курсы повышения квалификации кадров КГБ СССР с организацией при них специального учебного центра. 9 апреля 1989 года учебное заведение переименовано в Высшие курсы КГБ СССР.
80-е годы характеризовались дальнейшим совершенствованием учебно-материальной базы, разработкой новых учебных программ, внедрением активных форм обучения.
В начале 90-х годов работа коллектива Высших курсов проводилась в сложных условиях реформирования органов безопасности и многочисленных организационно-штатных преобразований.
Этапным рубежом стал 1995 год – Высшие курсы получили правовой статус высшего специального учебного заведения и наименование «Институт переподготовки и повышения квалификации сотрудников ФСК России (г. Санкт-Петербург)» (с июля 1995 года – ФСБ России).
С 21 ноября 2007 года учебное заведение носит наименование «Институт Федеральной службы безопасности Российской Федерации (г. Санкт-Петербург)».
Сегодня Институт представляет собой современную, динамично развивающуюся многопрофильную образовательную организацию, осуществляющую подготовку специалистов в интересах органов федеральной службы безопасности и других федеральных органов исполнительной власти в соответствии с требованиями федеральных государственных образовательных стандартов.
Успешно решать задачи по подготовке высококвалифицированных кадров позволяет современная учебная материально-техническая база, состоящая из учебных полигонов, специализированных аудиторий и компьютерных классов, лекционных залов, групповых аудиторий, методических кабинетов, читальных залов библиотек, автодрома, стрелковых тиров, плавательного бассейна, спортивных стадионов и площадок с многопролетными снарядами, залов игровых видов спорта и единоборств, тренажерных залов.